Podstawą jest odpowiedni system filtracji wydmuchiwanego powietrza, składający się z filtra wlotowego umieszczonego przed silnikiem (chroni go przed zanieczyszczeniami), worka lub pojemnika (zatrzymują większość zanieczyszczeń) oraz filtra wylotowego, który oczyszcza powietrze wydostające się z odkurzacza i zatrzymuje drobne zanieczyszczenia oraz przykre zapachy.
Filtry dzielimy na tekstylne, antyalergiczne i wodne. Najlepsze tekstylne zrobione są z pianki, fizeliny lub specjalnych sztucznych włókien. Stosuje się je jako filtry wlotowe i wylotowe, nie są jednak zbyt skuteczne i trzeba je regularnie wymieniać.
Alergicy powinni zdecydować się na wylotowe filtry HEPA - wykonane z włókna szklanego połączonego z syntetyczną żywicą mogą zatrzymywać prawie wszystkie cząsteczki większe od 0,3 mikrona (np.: pyłki kwiatowe, zarodniki, roztocza, komórki grzybów, pleśń, wirusy). W zależności od modelu i producenta, odkurzacze są wyposażone w różne typy filtrów HEPA (HEPA H 10, HEPA H 11, HEPA H 12, HEPA H 13, klasy S Lifetime).
Sebo Felix 1 Premium, odkurzacz workowy, moc silnika 1300 W, płynna regulacja mocy ssania na uchwycie, wyposażony w 3-stopniowy system filtracji Anti Allergy Hospital Grade S-Class Filtration, 3-warstwowy worek Ultra Bag™ o pojemności 3,5 l, opatentowany, elastyczny przegub Flex Neck, możliwość rozbudowy o polerkę Sebo Disco (na zdjęciu), SEBO, 1999 zł | Odkurzacz Z 6.0 Extreme Power Edition, workowy, wyposażony w silnik Compresor XTRM o mocy 1800 W, elektroniczna regulacja siły ssania, system filtracji Ultra HEPA, pojemność worka 5 l, SIEMENS, 819 zł | Odkurzacz UltraSilenserTM, workowy, moc silnika 1800 W, filtr HEPA H12, pojemność worka na kurz 3,8 l, poziom emitowanego hałasu to 68 dB, co jest orównywalne do zwykłej rozmowy, ELECTROLUX, 799 zł |
Najlepszy to HEPA H 13, który zatrzymuje 99,95 % zanieczyszczeń. Odkurzacz z takim filtrem zatrzyma wewnątrz nawet najmniejsze i najbardziej uczulające alergeny.
Filtr HEPA należy regularnie myć pod ciepłą, bieżącą wodą (przed kolejnym użyciem musi wyschnąć), a raz na rok powinno się go wymienić na nowy (jest to wydatek rzędu ok. 200 zł).
Równie skuteczny jest filtr wodny - w odkurzaczach piorących zbiornik z wodą jest jednocześnie pojemnikiem na zanieczyszczenia i filtrem, w którym zatapiane są pyłki i bakterie. Po każdym użyciu odkurzacza wodę należy wylać, a pojemnik dokładnie oczyścić.